No dia da tragédia, João Pedro estava jogando videogame com mais cinco amigos na casa do tio, no Complexo do Salgueiro, quando, segundo testemunhas, os policiais civis entraram atirando. O adolescente foi atingido por um disparo de fuzil na barriga e foi socorrido em um helicóptero, mas não resistiu aos ferimentos.
Na ocasião, o seu corpo chegou a ficar desaparecido, sendo encontrado somente horas depois pela família no Instituto Médico Legal (IML). Investigações apontaram ainda que a casa do tio do jovem, onde ele estava quando foi baleado, ficou com mais de 70 marcas de tiros em paredes e janelas.